港鐵於1月27日測試列車期間，系統未有標示。資料圖片
港鐵指，當新信號系統尚未投入服務，每次非行車時段進行測試前，需要用數分鐘時間重啓新系統作為測試前的準備，過程期間系統不會顯示列車的標示，屬正常的系統情況。而當需要參加測試的列車經系統「設定」後，其標示就會出現在系統顯示屏，這屬於系統的已知特徵（known characteristic）。
當新信號系統於2月6日正式投入服務後，新系統會持續運作，屆時便不再需要進行這新系統重啓準備程序。據港鐵記錄，新信號系統運作正常，而1月27日在非行車時段的測試進展順利，系統表現亦符合預期。
港鐵解釋，當晚港鐵公司共安排了4列列車（3輛12卡列車及1輛9卡列車）於沙田站至大學站路段參與非行車時段的測試，其中的一列12卡列車，是作為後備之用。當新信號系統重啓後，其中3列列車按計劃實際參與了測試，當經過系統設定後，該三列列車的標示就出現於車務控制中心的顯示屏上。而第四列備用列車則安排於馬場站等候，由於此列車無需要經系統設定，所以在屏幕上不會出現標示。當時所有四列列車的情况，均屬測試預計之內。
港鐵補充，當時還有另一列列車也停泊於馬場站，此列車並不屬於參與測試列車，故此無需經系統設定，所以該列車的標示也不會出現於車務控制中心的顯示屏上，此情況也是我們預計之內。
港鐵強調，上述所有列車，無論有否設定標示，均受到「列車自動保護系統」的監察及保護，確保列車之間的安全距離。此外，新信號系統的技術調查報告已就「重複設定行車路線」的情況提出妥善的技術解決方案，並已落實執行，無須實施相關的營運管控措施。
港鐵原定去年中起引入新的9卡列車，逐步取代舊12卡列車，並使用新信號系統。去年5月港鐵於收車時測試新系統，發現系統運作不正常，或導致列車入錯線及入錯車站。港鐵之後宣布暫緩使用新系統及9卡車，並於去年9月成立委員會調查。
