「香港健康碼」系統由12月10日上午9時起開通，供用戶申請註冊帳戶；而「安心出行」流動應用程式3.0版本亦會同步上架。「港康碼」採取實名登記，用戶有45分鐘的時間填寫登記表。

「港康碼」申請人需登記個人資料如姓名、身份證明文件號碼和簽發日期、聯絡電話號碼、居住地址等資料，並上載在港住址證明。現正居於房委會轄下公屋的申請人不用提交住址證明，系統會與房委會的公屋住戶數據庫直接核實。核實住址後，申請人會獲發個人識別碼以啓動帳戶。

若申請人未能提供在港住址證明或系統未能核實住址，則需等候由政府發出的確認信件，有關信件寄到申請人登記的住址，方可啓動帳戶。申請人如非香港身份證持有人，需攜同信件及身份證明文件到指定郵局核實身份。

用戶要設定密碼及安全提示。然後確定帳戶資料。當系統確認申請後，系統核實身份及地址後會發出個人識別碼短訊。

成功註冊帳戶後，然後用戶可以首次登入「港康碼」系統，登入時需要選擇身份證明文件類型及身份證明文件號碼，以及登入密碼。啟動帳戶後系統會提示用戶檢查登記電話號碼是否正確。其後每次登入會發出短訊到登記電話號碼核實身份。