長江是重要水源地，內地傳媒報道，長江流域抗生素濃度偏高，水生態系統受到破壞。更令人擔憂的是，相關調查顯示，長三角約40%孕婦尿液中檢出抗生素，近80%兒童尿液中檢出獸用抗生素，部分檢出抗生素已在臨床中禁用，有可能嚴重損害人體免疫力。

河海大學長江保護與綠色發展研究院近期一項研究顯示，長江抗生素平均濃度為156ng/L（納克/升），高於歐美一些發達國家。長江下游抗生素排放量居全國前三位，年排放強度大約為60.0千克每平方公里。

復旦大學公共衛生學院近年來對上千名8至11歲兒童和516名孕婦的調查結果顯示，兒童尿樣中共有21種人用、獸用或人獸用抗生素檢出，79.6%的學齡兒童尿液中檢出一種或幾種抗生素，其中部分已在臨床上禁用，獸用抗生素暴露與兒童肥胖、性早熟相關。此外，有16種抗生素在江浙滬的孕婦尿液中檢出，一種及以上抗生素檢出率為41.6%，孕婦暴露較為普遍，風險較大。

南京水科院生態所所長、生態環境中心主任陳求穩教授研究發現，抗生素及其代謝產物對不具耐藥性的微生物、浮游植物、魚類等水生生物有潛在毒理風險，破壞水生食物鏈的能量傳遞，進而影響高營養級生物及水生態系統健康。


陳求穩認為，抗生素通過飲水或食用水產品等途徑進入人體和動物體內後無法完全代謝，長時間攝入後，抗生素跟隨血液循環遍布多個器官，造成免疫力逐漸降低。

專家認為，人體有超過80%的免疫功能是以腸道中菌群平衡為基礎。濫用抗生素大量破壞益生菌，使胃腸道內對抗生素敏感性強的微生物減少，而敏感性差的菌群趁機大量繁殖，破壞腸道微生態平衡，為體外病菌侵入繁殖創造了條件。