港區國安法草案說明提到，行政長官可指定法官審理相關案件。大律師公會副主席葉巧琦表示，即使由行政長官指定一份法官名單，專門處理涉及國家安全的案件，亦屬於一種篩選，對此感到憂慮。

葉巧琦在電台節目中指，港區國安法草案的說明提到，特首可從暫委或者特委法官中指定法官處理國安案件，有關規定不完全是律政司司長鄭若驊理解的意思，即使是由特首指定一張法官清單亦是篩選。
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葉巧琦說，根據《基本法》規定，特首根據獨立委員會推薦委任法官，從來沒有權指定法官或者法官清單，她又提到根據《竊聽條例》相關規定，特首亦是根據首席法官的推薦委任法官。

她認為，根據草案，行政長官將會是國家安全委員會的主席，而委員會要接受中央的監督及問責，質疑如果同時由特首指定法官，是否有角色衝突。在這個情況下如何維護司法獨立。