《港區國安法》草案中提及行政長官應當指定法官，負責處理危害國家安全犯罪案件。大律師公會發聲明回應指， 此安排令人憂慮，並認為會削弱香港特區的司法獨立。

大律師公會在聲明中表示，此安排令人憂慮，並指若落實此安排，將會是史無前例，並且將會削弱香港特別行政區的司法獨立。該會又指，司法獨立是香港特區法律制度的基石，並體現於三方面。 第一，法官的任命是基於其專業資格及相關的經驗。第二，在法官任命過程中，政府只有最低限度的的參與 。第三，處理法院事務及調配資源，包括指派案件的主審法官，應交由司法機構自行決定。

該會又指，在現行制度下，特區政府的行政機關(包括行政長官)並不會自行指定或指派個別法官負責審理某類型或某宗案件。公義不但必須履行，而且須在人前彰顯。令公眾相信香港法院作出的裁決是完全基於案件的事實及法律原則，而不受任何政治考慮或行政機關(包括行政長官) 的干預，是十分重要。

該會續指，草案中的安排違背了《基本法》的本意及精神，對香港的司法獨立構成印象上或實際上的威脅。尤其在日後國家安全法下的刑事案件，香港政府正是檢控方，而行政長官亦將會擔任日後成立的維護國家安全委員會的主席。賦予行政長官權力以指定若干名法官負責處理某一種特定的刑事罪行，將損害司法程序的公平和公正。該會又指，全國人大常委會至今尚未為香港通過任何國家安全法，認為確保將會通過的法例不會破壞香港在《基本法》下設計的憲制結構，至為重要。