港區國安法草案說明提到，行政長官可指定法官審理相關案件。而特首林鄭月娥昨日反駁，指由特首指定法官並不罕見，又指香港部分專門法庭的專職法官，都是由行政長官委任，並形容屬「孤陋寡聞」。大律師公會副主席葉巧琦對此批評，法官審議國安法案件屬篩選程序，與委任法官是兩回事，又指林鄭月娥「混淆視聽」、「偷換概念」。

葉巧琦在電台節目中指，行政長官向來在司法機關參與有限，只是按終審法院首席法官或者司法人員推薦委員會推薦作出委任，而非指派。她質疑，特首是否理解深入過司法機構或知道法官專長。她認為指定法官絕對是行政干預，如果落實會削弱司法獨立。她又認為，退而求其次的方法仍然是要按委員會或首席法官推薦指定法官，並且在推薦時要寫清楚理由。

葉巧琦強調法律只是賦予特首法官的委任權，但特首昨日的說法似乎令人覺得「司法方面，特首都有權去干預、參與」，特首有責任澄清。她又指特首既擔任「維護國家安全委員會」的主席，委員會成員又包括負責檢控的律政司，但特首同時可以指派法官，當中有明顯利益衝突。她認為香港司法獨立的形象相當重要，但現時草案內容難令大眾對制度有信心。

對於人大法工委副主任張勇表示，司法獨立是指法官在審理案件時不受任何干涉，而非法院的管轄權和審判權。葉巧琦表示不同意，認為不受行政干預只是司法獨立的其中一部分，而非全部，更重要是有堅實的法律制度，才能令人相信本港司法獨立形象。