《港區國安法》明確規定，駐港國安公署及其人員依法執行職務的行為，不受香港特區管轄。港澳辦副主任張曉明表示，駐港國安公署依據全國人大決定和香港國安法設立，是中央人民政府的派出機構，因此不同於基本法22條中涉及的「中央各部門派駐香港機構」，強調「二者不是一回事」。

張曉明指出，「港區國安法」60條規定，駐港國安公署執行職務的行為不受當地管轄，是為了保證執行職務的權力。另外，查辦的案件可能涉及國家秘密，不受當地管轄合情合理。「這參考了駐軍法和國際做法。拿美國舉例，其有聯邦和州兩套司法體系，有些事情州也是不能幹預聯邦行為的」。

不過，他否認駐港國安公署「無王管」，強調國安法本身對駐港國安公署履行職責的程序、監督機制都有一套較為嚴格的規定。

被問及駐港國安公署執法問題，張曉明表示，國安法第55條規定，國安公署只在三種特定情形下行使執法，而考慮到香港法律制度與內地不同，因此內地有關機構與特區有關機構，是不同的司法主體。各自形成立案偵查司法等的一條龍全流程，「各管各的」，認為分工較為明確、管轄劃分清晰。