台灣一位85歲婆婆五月因患有困難梭狀芽孢桿菌感染，導致反覆腹瀉及黏液便，以多種抗生素治療仍有無效果，在6月接受以口服膠囊微菌叢植入方式，將健康菌叢的糞便移植到腸道的治療。治療效果顯著，婆婆排便恢復順暢，脫離死亡危機。

目前開放的微菌叢植入治療法，用於反覆性或常規治療無效之困難梭狀芽孢桿菌感染病人。北榮正式投入的微菌叢植入治療法，在兩年間已執行了14例經大腸鏡微菌叢植入治療術，今年6月更完成了的國內首例經口服膠囊微菌叢植入治療術，便是將30顆健康糞菌的口服膠囊植入一位因直腸癌住院化療的85歲婆婆，治療後，排便即恢復正常。

目前台灣榮總已完成執行15個經微菌叢植入治療術，當中有首例經口服膠囊及14例經大腸鏡植入的治療術，術後持續追蹤患者療效。台北榮總內科部主任侯明志表示，兩種植入治療方式的治療率都達80%-90%。