運房局向立法會提交文件指，「港珠澳大橋－ 主橋撥款資助」的核准工程預算費用由原來的90億4650萬元，提至105億6120萬元，意味工程超支15億1470萬元，並計劃向財委會申請撥款。

局方在文件中表示，由於主橋工程龐大而複雜，項目自動工以來，工程在外海異常複雜的環境下進行，施工技術難度比預期大，部分設計 及施工方案需要作出相應調整，建造時間亦較預期長，加上人 工和材料價格上漲等因素影響，使建設成本在後期有所增加，因此有需要調整其批覆概算，用作支付增加的工程費用。 

當局又指，有關三地需要承擔的資本金部分，內地政府及澳門特別 行政區政府已經完成為主橋項目的注資。至於銀團貸款，經三地聯合工作委員會同意後，大橋管理局於去年1月與銀團簽署約53億元人民幣新增貸款融資文件。大橋管理局自大橋開通以來全力推進主橋的結算工作。根據大橋管理局提供的資料，主要建設合同結算預計可於通車後約3年完成，現時已進 入最後階段。 

至於香港特別行政區政府需分擔的部分，當局擬在本立法年度向工務小組委員會尋求支持，並向財委會申請撥款，提高工程計劃的核准預算費用以應付額外的開支(即由原來的港幣90億4650萬元提高15億1470萬元，至105億6120萬港元。