生物科卷二佔整科的百分之二十五，涵蓋課程中的四個選修課題，包括人體生理學：調節與控制、應用生態學、微生物與人類及生物工程。考生須從該四個選修課題中，選答其中兩個課題的結構式試題。而考生所選的單元，則取決於學校所教授的單元。
生物科文憑試中，與校本評核相關的科學探究和實驗題，或會在卷一乙部考問學生。
每題不多於30分鐘
聖保羅男女中學生物科主任劉愛霞指，大部分考生會將一小時平均分配至兩題，但劉愛霞認為選修課題的難度較高，考生須花時間覆卷。因此，她建議考生盡量使用少於三十分鐘完成各題，然後利用剩餘時間檢查試卷，「卷二對考生的答題要求和技巧高，部分考生會因沒有妥善控制時間，而導致這份卷的表現不理想。」
參考答案評分重點
劉愛霞認為，能力高的同學除了熟讀內容、操練試題外，更要透過評分參考部分分析答案，進一步了解和拿捏可得分的內容重點。她又建議同學，平日須記錄曾犯錯的題目，並在應考前重溫，以加深記憶。
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