港鐵計劃於東鐵綫落馬洲站與上水站之間興建古洞站，工程造價由前年估算的35億元增至最新估算59億元，連同北環綫項目規劃及前期工程費用，預算達到98億元。有議員質疑工程於兩年間，造價大升近7成，形容是「離晒大譜」。另外，港鐵將會從屯馬綫的屯門站向南興建屯門南延綫，伸延約2.4公里，當中包括會拆卸屯門泳池，騰出位置興建新車站，而工程將採取「先重置後拆卸」方式進行。有議員關注先重置屯門泳池的方式，會否令工程時間延長。
在立法會鐵路事宜小組委員會，多名議員關注興建古洞站工程預算的升幅，實政圓桌、立法會議員田北辰質疑，工程於兩年間，造價大升近七成，形容是「離晒大譜」。港鐵及政府解釋，前年提出的造價是根據2015年價格，最新造價以2023年計算，當中涉及物價升幅，而車站的面積，亦因為發展區規模擴大而增加，所以車站規模加大亦令成本上升，而當中不少估算根據文件資料，到詳細規劃設計時要處理工程困難，例如地質等問題，要增加款項以令工程暢順進行。
立法會議員張欣宇擔心，古洞站開通後東鐵綫列車並無足夠運力。他說，現時建新站涉及十幾萬人口，但港鐵到2027年仍未有計劃購買列車增加班次，而古洞站處於落馬洲支綫，本身班次較少，估計每班車要等大約8分鐘，擔心當車次不足要購買新車，當地居民需等待數年時間。當局回應說，按現時估算，東鐵綫有足夠運力接載乘客，港鐵亦表示會一直監察乘客數據。
古洞站主要工程會於今年第三季動工，預計2027年完工。港鐵表示，由古洞站往上水站，車程約需3分鐘。屯門南延綫項目的主要工程會於今年第三季動工，預計2030年完工。屯門南延綫將設兩個新車站，包括於途中的屯門第16區設新車站，並計劃於屯門碼頭附近興建新增的屯門南站。委員會主席易志明提出，希望當局及港鐵提供更多數據，包括如果拆卸及重置同時進行，可以節省多少時間等，會否考慮提出其他方法，如提供接駁巴士讓當區居民到其他泳池等，以節省施工時間。
港鐵表示，聽到很多聲音希望在清拆泳池時，能夠有新泳池落成，所以計劃以有關方向期望滿足當區要求，港鐵未來亦會與當區檢討，是否有優化地方。
根據港鐵資料，屯門南延綫兩個新站的500米範圍內有超過10萬人居住，繁忙時間由屯門南前往屯門站的行車時間，預計不會超過5分鐘。港鐵將會採購4列8卡列車應付額外乘客量。屯門南延綫項目將採取「鐵路加物業」模式，當港鐵公司要求批出物業發展用地時，會在地價中扣除固定總額242億元。
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