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經考慮路政署對支出項目的意見後，港鐵公司修訂沙中線主要工程項目委託工程費用的預算，並於本月21日向政府確認修訂委託費用預算為829億9,930萬元。惟政府認為港鐵公司就增加其項目管理費（約13億7,100萬元）的理據並不充分，因為委託協議中的主要工程範圍、委託工作及委託計劃方面均未有重大修改，因此不同意港鐵公司提出的額外項目管理費。
基於上述原因，政府將修訂委託費用預算調整為816億2,830萬元，即較原委託費用預算增加約108億130萬元，並較2017年時評估的預算下調57億元。計及原來預留的項目備用金額、由其他工程項目支付的費用、以及監核顧問費用和其他政府開支後，政府需要提高61TR號及62TR號工程計劃的核准工程預算合共約100億6,380萬元，以繼續推展沙中線餘下的工程。政府認為修訂預算可作為申請撥款以進行餘下工程的基礎，港鐵公司仍須按相關工程合約條款釐定支付予承建商等的個別款項，過程中政府會嚴格把關。
港鐡指，知悉政府認為沙中綫項目並無出現重大修改，故此政府不同意在造價中包括任何額外項目管理費用的金額；而政府就沙中綫項目向立法會提出增加撥款的申請中，亦不會預留任何金額作為港鐡公司的額外項目管理費用。 港鐡將於此段期間內繼續履行其於相關委託協議下的項目管理責任及負擔相關費用，務求使沙中綫項目能按照最新計劃取得進展，並繼續根據委託協議的有關條款與政府磋商，尋求解決方案。
港鐵行政總裁金澤培表示，現時沙中綫工程的總體進度為92%。 其中「大圍至紅磡段」工程已完成超過99%，而「紅磡至金鐘段」工程進度則為82%。「大圍至紅磡段」（現已命名為屯馬綫）預計可於2021年通車；而「紅磡至金鐘段」（即東鐵綫過海至金鐘）於2022年第一季通車的目標仍充滿挑戰，港鐵會繼續致力達致此工程時間表 的目標。
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