新冠肺炎席捲全球，病毒源頭一直是現時最爭議的議題，更掀起中美外交戰。國家衛健委高級別專家組組長鍾南山表示，病毒源頭和疫情發生地不是一回事，新冠肺炎疫情發生在中國和武漢，但不等於病毒源頭也在武漢，目前亦沒有證據，自己也不知道源頭在哪裡。

鍾南山出席記者會時表示，H1N1病毒在2009年首先在墨西哥發生，反問這能否說成墨西哥病毒。鍾南山認為，病毒源頭問題是科學問題，與政治問題是兩回事，自己尊重科學問題，亦有人通過分子生物學和病毒淨化，希望能搞清楚源頭問題，如果隨便下結論是不負責任。

有日本記者問到疫情「吹哨人」武漢醫生李文亮事件，鍾南山則以聽不明問題為由沒有回應。