新冠肺炎疫情下，港鐵業務亦受到影響。港鐵行政總裁金澤培向員工發信，指疫情爆發導致香港及全球的客運及物業業務受到沉重打擊，並指會實施對員工影響較低，並有助實質財務效果措施，包括安排員工先清理年假。

金澤培在信中表示，港鐵正面臨前所未有的挑戰，業務於今年1月從谷底開始回升，但新型冠狀病毒疫情隨即爆發，導致香港及全球的業務，包括客運及物業業務亦受到沉重打擊。他又指，港鐵面對艱鉅挑戰，仍會以推動香港安全，以及與市民共同抗疫為目標，並指會透過成本控制措施，保障就業及維持公司財務穩健，故會實施對員工影響較低，並有助實質財務效果措施，當中包括安排員工先清理年假。他亦指若需要實施更多相關措施，將與員工組織保持密切溝通。他亦呼籲，員工採取預防措施，以保持健康。

受疫情影響，港鐵客運量持續減少，2月份總客運量按年減少43.5%，有7140.5萬人次，按月下跌38.7%。