自4月10日起，深圳市政府要求所有經深圳口岸入境的跨境貨車司機必須提供「i深圳」健康認證碼及7日內新冠病毒核酸檢測陰性結果證明，供深圳海關人員驗核後才可進入深圳境內。不過，新措施在首日實施後，由於有大批司機因未能符合相關要求被逼在關口折返，令文錦渡管制站內地口岸範圍一度出現車龍。據了解，當日一度至少有30架貨車停在口岸，須由內地關口人員登記及辦理退港手續。導致一眾跨境貨車司機叫苦連天。

運輸署對此表示，已向深圳市政府相關部反映，經兩地政府商討後，已安排深圳灣口岸由今日（4月11日）起，容許未持有有效核酸檢測報告的跨境貨車司機，可駕駛貨車前往深圳灣口岸貨運通道接受核酸檢測採樣後返回香港，待正式檢測結果發出後，即可正常通關入境深圳。

運輸署續指，據了解，有部分跨境貨車司機昨日因未能出示健康認證碼，或核酸檢測報告超過7日的有效期，以致未能進入深圳。根據深圳市政府相關部門的資料，昨日因未能符合疫情防控措施要求而被拒絕進入深圳的貨車約有110輛，佔深圳口岸入境貨車總數不足百分之二。

而根據署方今日整日觀察，文錦渡管制站今日的貨運通關情況比昨天大為改善，只有部分時段的貨運通關時間較長；而其餘各個陸路管制站，包括深圳灣、落馬洲、沙頭角及港珠澳大橋香港口岸的貨運通關情況均為暢順。運輸署又指，會繼續與業界保持緊密溝通，以期達至聯防聯控的目的，同時亦確保跨境貨物流正常運作。