對於有公務員工會號召公務員參與「罷工公投」，反對港區國家安全的立法，特區政府發言人強烈譴責該組織擬採取政治性罷工的激烈手段，以致損害整體香港社會利益和公務員隊伍聲譽。「新公務員工會」回應時表示，未能確定政府的言論是否指向該會及即將舉行的聯合工會公投行動，但就政府錯誤理解工會立場，感到十分惋惜。

「新公務員工會」指，是次的行動只是擔當籌備的角色，讓會員表達對不同議題，包括國家安全立法、公務員「凍薪」及公務員宣誓等事宜的關注。該會又指，若有留意其資訊，可知悉該會並沒有提出任何對國家安全立法「反對」的字眼，而有關的投票內容亦只是詢問會員會否擔心自由及權利受影響，並指就政府錯誤理解工會立場，以及抹煞該會為同事提供表達意見的機會所付出的努力，感到十分惋惜。

另外，該會亦指，是次行動包含勞工權益，亦不是政府聲明所理解的「公投」，並指各工會均是基於擔心立法內容會衝擊行業利益，才孕育出是次的聯合行動，而當中亦有包含勞工的權益及權利在內，絕非政府所指的政治性質活動。行動內容亦一再強調只允許各自工會會員投票，沒有指出投票結果可代表全港民意。該會續指，希望政府履行承諾，允許各行各業就國家安全立法提出意見，並希望政府能吸取「反修例事件」的教訓，鼓勵市民給予意見，並確保立法與否切合港人的意願。

特區政府指，公務員工會公然鼓動公務員參與「罷工公投」，採取政治性罷工的激烈手段去反對國家安全立法，罔顧罷工行動會影響特區政府的有效運作和社會穩定，衝擊香港經濟，損害香港市民的利益，做法令人深感憤慨。發言人又指，《基本法》和香港法律體系並沒有「公投」制度，所謂「公投」既無憲制基礎，亦無法律效力。公務員必須認清事實，保持理性，切勿參與其中。