香港航空被指未有完全遵守保就業計劃規定，被要求退還未有用於支付工資的補貼金額，或就未達承諾僱用人數繳付罰款。港航回應事件時表示，公司已按照計劃要求，將全部資助用於支薪，但只能支付去年6至11月部分薪金支出。港航指資助是按員工去年1月工資的一半或上限9,000元計算，因此假設員工月薪8,000元，就只有4,000元資助。

發言人又表示，公司已向當局解釋在首輪保就業計劃中，承諾員工人數不足原因，而政府發放第二輪資助時已扣除罰款。

不過，早前提出舉報的「港航被裁員工關注組」質疑，港航以2019年僱員收入申請補貼，每名員工應獲補貼額，應達8,700多元，但在第二輪保就業期間，仍有員工需放無薪假，不少前線員工亦只獲支7,800元的底薪，質疑港航未有將所有補貼用於工資。關注組要求港航向員工退還相關津貼，又要求以正常薪金向被裁員工計算遣散費。關注組稱正等待公司周二前的回覆，不排除將會以法律行動追討。