港鐵去年9月在東鐵線新信號系統原定投入運作的前一日，指新系統有機會重複設定路線，即「入錯線」，宣布暫緩使用系統。港鐵公布新信號系統調查報告。報告指出，技術調查已找出「重複設定」的根本原因，並制定完整的技術解決方案。調查委員會確認「重複設定行車路線」並不涉及安全問題，但影響服務的可靠性。

技術調查指出，由於一個為港鐵專門編訂、為車務控制中心提供額外列車監控數據的新軟件模塊，令一個不涉及安全因素的軟件模塊出現超荷載的情況而引致。調查亦証實承辦商最初提議「調整監控級別設定」的方法未能緩解「重複設定」的情況。

報告指出，由於港鐵對「重複設定」對列車服務的潛在影響的敏感度不足，因而低估了技術複雜性，港鐵未有要求承辦商就「重複設定」及整體「自動行車路線設定系統」功能進行更詳盡的分析和跟進。報告指出，縱使當時認為在現實行車中出現互鎖或入錯線的情況的機會輕微，惟可能性是仍然存在。港鐵及承辦商應更早就有關情況進行更詳細的調查。如及早調查會意識到此情況還有其他、更深層次及更為複雜的根本原因。這有機會警覺到有需要就情況於港鐵內部上報及向政府匯報。沒有及時進行更詳細的調査是一個判斷上的失誤。

「重複設定」會引致的全部後果在去年9月之前，並沒有被明確闡明。調查委員會認為，港鐵及承辦商之間應就相關後果有更多溝通。去年9月12日之後進行的技術調査已找出根本原因，並正制定完整的技術解決方案。承辦商和港鐵理應於更早的時候便進行這項工作。

為了糾正因新軟件程式引致的「重複設定」，承辦商已經停用新軟件程式、並提升了電腦硬件、提升了「自動行車路線設定」的軟件程式，為避免出現錯誤設定行車路線的情況提供了額外保障。

港鐵聘任的獨立安全評估顧問，確認技術調查正確找出根本原因，也確認糾正措施已成功解決問題，亦確認所有已知的信號系統性功能改進事項並不涉及安全問題。系統糾正後經現場測試，亦確認有效。

報告指出，早在承辦商首次表明立場，「強烈建議」在展開混合車隊營運前實施「列車監控與追蹤」級別設定調整時，就應該盡快上報。不過委員會沒有發現港鐵或承辦商刻意隱瞞的證據。