新冠肺炎疫情持續，港鐵為表對醫護人員劃支持及謝意，自去年3月免費提供機場快綫車票，供當值醫護人員往返博覽館站鄰近的社區治療設施及市區。  

醫院管理局在第二波疫情於亞洲國際博覽館設立臨時檢測中心後，為應付第三和第四波疫情，設立社區治療設施。港鐵自2020年3月起，免費提供往返博覽館站和市區的機場快綫車票，透過局方分發給有需要的醫護人員。截至2021年1月底，已提供超過16900張車票。  

港鐵為減低病毒經接觸傳播的風險，早前引進「雙氧水霧化消毒機械人」進行深層消毒，在車站及車廂設施噴塗「納米銀二氧化鈦」殺菌劑，並引入新科技為多個車站的升降機安裝按鈕自動感應器。  

此外，港鐵於20個車站免費派發2019冠狀病毒病樣本收集包，最近，這20個車站已增設至各有兩部自動派發機，進一步方便市民領取樣本收集包。而自動派發機位置亦加裝紫外綫空氣淨化器，為乘客提供多一重保障。  

港鐵指，港鐵重鐵車站及列車，和香港西九龍站及高速鐵路(香港段)的動感號列車於近日獲得香港品質保證局的｢衛生抗疫措施認證｣，是本港其中一個最先獲得此項認證的公共交通營運商。