繼美國、澳洲等國家後，日本政府亦計劃加強對中國孔子學院的審查。據日媒報道，日本當局考慮今年底前制定審查清單，要求設於日本私立大學的孔子學院提供資料，增加透明度，以防孔子學院干預大學的學術研究。

日本目前有14間私立大學，包括早稻田、立命館和櫻美林大學等設有孔子學院，舉辦教學和文化活動，例如教授不同程度的漢語，培訓漢語教師，舉辦文史哲課程或興趣班，邀請中國學者演講，或安排日本學者到中國研究等。

《日本經濟新聞》今天報道，東京政府認為孔子學院是中國政府的宣傳工具，亦擔心日本的科研技術經學院人員交流洩漏出去。

報道引述文部科學大臣萩生田光一說：「包括美國和歐洲在內愈來愈多擁有共同價值觀的國家致力尋求更多資訊或廢除（孔子學院）研究所，」「我敦促資訊公開，以提高有關組織管理和研究項目的透明度。」

日本出生率長期低迷，私立大學收生不足，招收留學生成為主要出路。有報道稱，由於中國的人口和經濟力量，吸引不少日本的私立大學和中國建立交換生制度。孔子學院由中國撥款，提供教師和教科書，日本的大學只需提供課室，就能和中方合作。

中國2004年起在美國設立第一間孔子學院，其後擴展至全球多國，日本第一間孔子學院2005年在京都的立命館大學成立。