全球第四繁忙的深圳鹽田國際貨櫃碼頭，自5月底有工人確診新冠肺炎後，港口運輸因嚴格防疫措施而陷入停滯，連帶附近的南沙港和蛇口港也出現貨物積壓現象。鹽田局部停擺導致國內運費暴升，從上海到荷蘭鹿特丹的貨櫃運費同比增長近7倍，可能對美國年尾消費旺季供貨造成影響。有報道指鹽田港目前至少三分之一的員工仍在隔離，但鹽田港集團表示，碼頭操作能力已恢復七成，有望本月底恢復產能。

5月21日，鹽田港一名工人確診後，當地陸續出現相關個案，大部分涉及在英國發現的「​Alpha」變種病毒。當局立即採取嚴格的消毒和檢疫措施，但造成碼頭人力短缺、船期延誤和碼頭擠塞問題。根據Refinitiv的船舶追蹤數據，截至上周四（17日），超過50艘貨櫃船被逼停在鹽田港外的海上，無法進港卸貨，是2019年以來最差的紀錄。

鹽田港是中國對外貿易的重要窗口，單日貨櫃處理量可達3.6萬個標準貨櫃。鹽田港局部停擺，令本已創紀錄的運費持續攀上新高。航運咨詢公司德魯里（Drewry）上周四的數據顯示，從上海到荷蘭鹿特丹的40英尺貨櫃運費已漲至1.1萬美元（約8.6萬港元），同比增長近7倍。業界擔憂這可能帶來比今年3月蘇伊士運河貨輪擱淺更嚴重的影響。

新加坡《聯合早報》引述行業人士稱，目前全球對中國出口商品的強勁需求，讓鹽田港此次停擺顯得更嚴重。出口貨物擁堵目前已外溢至中國各大沿海港口，國際陸海貿易新通道至廣西北部灣出海口也出現擁堵現象。

國際航運組織「波羅的海國際航運公會」首席航運分析師Peter Sand直言，鹽田港大堵塞將引發連鎖性危機，美國民眾今年底購買聖誕禮物時，可能無法在貨架上找到想要的東西。全球最大貨櫃承運公司丹麥馬士基集團發聲明形容「情況令人擔憂」。美國貨運代理公司飛協博高層稱，中國南部港口的局面是又一次困擾全球供應鏈的災難，估計鹽田港堵塞須6至8周才能完成清理。

《深圳特區報》報道，疫情發生後，除加強防疫外，為緩解堵塞，鹽田碼頭採取大量應急措施，截至目前，港區日吞吐量近2.4萬個標準貨櫃，整體操作能力已恢復7成。在做好防疫的前提下，鹽田港區有望6月底基本恢復生產水平。鹽田港集團董事會秘書陳彪表示：「現在，港區碼頭操作能力、作業能力穩步回升，預約系統有效運行，港區及周邊交通順暢，社會各界反映良好。」

不過《聯合早報》引述行業人士透露，鹽田港目前三分之一至一半的員工仍在隔離，尚不知何時結束隔離。至於深圳的疫情仍然反覆，當地機場上周亦因餐廳服務員確診而收緊防控措施，大量航班受阻。