隨着屯馬綫全綫開通，前往各站的實際票價亦正式出爐，但各項車資不均勻的問題逐漸浮現。以八達通票價計算，屯門及元朗往宋皇臺站和土瓜灣站的票價全部劃一為二十一元七毫，與紅磡站一樣，反映從新界前往兩個車站是相對「抵搭」。不過，從鑽石山前往何文田，車資就高達八元三毫，較同一路程的巴士貴約四成，意味屯馬綫開通後，即使出門多了選擇，但市民仍需要視乎所需的車資和乘搭時間，作出最精明的選擇。

屯馬綫全綫長約五十六公里，共有二十七個車站，為全港最長的鐵路綫。在屯馬綫開通前夕，外界已關注新綫車資「短貴長平」的問題。根據港鐵網站顯示，不論由屯門或元朗出發，至昨日新開通的宋皇臺站和土瓜灣站，以及同屬屯馬綫車站的鑽石山，票價均劃一為二十一元七毫，與前一個站的紅磡站車資一樣，而前往何文田站更為便宜，只需二十元六毫。若根據車程距離或途徑車站數目計算車資，理應屯門或元朗來往宋皇臺站和土瓜灣站的車資會較紅磡站昂貴，反映從新界前往兩個車站是相對「抵搭」。

不過，來往市區車站的短途票價，情況卻不一樣；若果由鑽石山前往何文田，車程儘管只需十分鐘，但車資就高達八元三毫，相比同一路程的九巴十一號綫的五元四毫，貴約三成四。此外，根據港鐵網站，走綫呈「U」字形的屯馬綫，來往頭尾兩站需時七十四分鐘，費用二十三元五毫，但由於現時也有巴士可以行走兩地，費用不但較便宜，需時也較短。

實政圓桌立法會議員田北辰昨亦有到場試搭。他指，是次有喜有憂，「喜新鐵路嘅便利，憂後續各項工程落實」，又指過海段尚未完工，港鐵仍須努力。他預料荃灣綫由今日開始將成為「受害者」，並指尖沙嘴站及油麻地站，以往在繁忙時間已經「逼爆」，現時再加上屯馬綫的「新客」，「我幾敢肯定，未有沙中綫過海段之前，全部人都會有微言」。

他指，在路綫方面，知道最多人關注「短貴長平」問題，因此選擇最能體現相關問題的路綫，並由大圍站乘搭屯馬綫前往紅磡。他指，在可加可減機制下，各個站收費可加減百分之五，「若票價差少少嘅站，兩三年可能就調節到，但係大圍去紅磡或何文田，至少五年先搞得掂」，但指「去紅磡加價，正常人都唔肯，港鐵實有阻力，估計呢度可能要用多兩至三年」。

他又指，在二〇二二年第二季至第三季，相信可以將所有列車改為九卡車，並指預料二〇二四年底可完成安裝東鐵幕門。他亦建議，過海指示牌可更清晰。他呼籲，對於未來各條新綫，政府不應再花甚多時間進行招標研究，而是應立即與港鐵商討，從速落實新鐵路。