城際直通車或將成為港人集體回憶，有報道指，港鐵有意於短期內，解散城際直通車的客運部門。報道指港鐵將於短期內宣布停運城際直通車，相關員工應不會被裁掉，可選擇調往其他部門繼續工作。
港鐵回覆查詢時，表示因應政府的防疫措施，城際直通車於2020年1月開始暫停服務，有關措施仍然生效。期間，港鐵公司一直密切監察疫情變化，並為關口重開後為乘客提供適切的跨境鐵路服務作好準備。城際直通車相關服務安排如有調整，公司亦會適時公布。至於運房局回覆查詢時，亦指出政府會繼續密切留意兩地疫情發展，適時就恢復跨境列車服務作全盤考慮。
城際直通車提供來往紅磡站及廣州東站的廣九直通車、來往上海站的滬九直通車，以及北京西站的京九直通車服務，在港段與東鐵列車共用軌道，但因應疫情，由2020年1月起暫停服務至今。而高鐵香港段2018年通車後，亦影響到城際直通車的載客量，2019年直通車客量按年大減約三成。
立法會議員田北辰指，內地現時正於廣州興建換線交匯處，高鐵將來除了到廣州南站，亦可直達廣州市中心的廣州東站，可提升成效，屆時城際直通車的歷史任務可以完結，騰出每小時一班車予東鐵線，有助紓緩東鐵列車擠逼。
運輸物流業工會聯會發聲明指，期望港鐵儘快澄清消息，以穩定員工軍心。又提到一旦停運部分員工會受影響，工會希望港鐵與員工妥善溝通，調整崗位時不應影響員工原有權益和待遇，亦要求港鐵善待盡心盡力服務的員工。
港鐵回覆查詢時，則提到公司亦一直安排城際直通車的員工接受培訓，以及調配到其他崗位繼續工作，包括其他車站、羅湖編組站及參與東鐵綫過海段的準備工作等，並一直與相關員工保持溝通。由於近期本地鐵路綫及其他部門需要增聘人手或填補空缺，故公司希望借此機會，協助有意尋求其他事業發展的城際直通車員工尋找合適的工作崗位，並非裁員或削減人手。事實上，公司早前亦曾為有意轉住其他工作崗位繼續發展的跨境服務員工作出類似安排。城際直通車員工亦可按個人意願繼續留在現時的崗位。
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