行政長官李家超一連兩日主持抗疫會議後，決定在「抗疫督導委員會」的基礎上強化抗疫指揮架構，增設由他親自領導的「應對疫情指導及協調組」（簡稱：「指導及協調組」），以應對疫情出現不時變化的情況，有效處理涉及跨政策局範疇的抗疫事宜，確保各政策局和政府部門能迅速應變。
「指導及協調組」常設成員包括政務司司長、政務司副司長、醫務衞生局局長、公務員事務局局長、環境及生態局局長、民政及青年事務局局長、創新科技及工業局局長、保安局局長和運輸及物流局局長。其他主要官員亦會按政策或行動需要參與。
「指導及協調組」下設「應對疫情指導及協調組辦公室」，由醫務衞生局局長任辦公室主任，以研究、建議推動抗疫措施；以及就個別指定事項或範疇成立專責/專項組，由司局長或部門首長負責，就專題事項制訂具體措施及方案，並聯繫各政策局及部門共同解決問題。
「指導及協調組」昨天（七月二十八日）召開首次會議，決定成立十三個專責/專項組，包括：
由醫務衞生局局長領導的
1.「抗疫專責組」，負責制訂及推行抗疫防控措施；
2.「指定檢疫酒店專責組」，負責推行及監督指定檢疫酒店計劃；
3.「檢測專責組」，負責推行及監督病毒檢測服務及檢測行動；
由創新科技及工業局局長領導的
4.「抗疫科技應用專責組」，負責推行應用科技配合防疫抗疫措施；
由保安局局長領導的
5.「社區隔離設施專責組」，負責監督社區隔離設施的管理；
由運輸及物流局局長領導的
6.「抗疫運輸專責組」，負責推行及監督為抗疫而設的點對點交通服務；
由政府新聞處處長領導的
7.「抗疫宣傳專責組」，負責推行及監督抗疫宣傳計劃；
由公務員事務局局長領導的
8.「疫苗接種專責組」，負責制訂及推行提升疫苗接種率的措施，特別針對長者和兒童接種率；
9.「公務員動員專責組」，負責計劃及動員公務員支援抗疫行動；
由政制及內地事務局局長領導的
10.「內地聯絡專責組」，負責與內地聯絡以達致聯防聯控；
由環境及生態局局長領導的
11.「污水檢測專責組，負責推行及監督污水監測工作；
由勞工及福利局局長領導的
12.「安老院舍專責組」，負責計劃及推行有關保護安老院舍長者的措施；
由政務司司長／政務司副司長領導的
13.「重大活動專項組」，負責監督和計劃未來預期重大活動的相關防控措施。
李家超說：「特區政府會繼續按照疫情發展和科學數據分析，制訂以最低成本達致最大效益的精準抗疫策略，在保障巿民的生命安全及健康的同時，減低對社會正常活動的影響。」
他續指，本屆政府上任約四星期以來，已先後公布和推行多方面優化措施，以科學為本抗疫，包括暫緩航班「熔斷機制」，增加抵港人士核酸檢測次數、規限居家隔離人士佩戴電子手環以確保遵守隔離令、啓用深圳灣口岸離境特別核酸檢測服務網上預約系統等，並正研究經機場抵港人士的檢疫期限，以科技及精準方法減少期間的限制。
「強化後的抗疫指揮架構將可加強和加快決策過程，並在高層次作出有效指揮，確保抗疫措施準確到位，並更能統籌跨局或部門的抗疫工作。」李家超說。
政府於二○二○年一月初公布「對公共衞生有重要性的新型傳染病準備及應變計劃」，並在同年一月二十五日由時任行政長官主持「抗疫督導委員會」，將應變級別提升至最高的「緊急」級別。至於由李家超主持的「抗疫督導委員會」會議，同意「抗疫督導委員會」保持運作，以制訂整體和長期性的抗疫政策，由行政長官繼續擔任主席，並維持應變級別為「緊急」。
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