星雲大師除了宗教領袖身分外，也是中國國民黨黨員，曾任黨務顧問、中央常務委員、中央評議委員，由於他從不避諱表達其政治立場，讓他飽受「政治和尚」的批評，不過，星雲大師虛懷若谷、接受一切，他說，「說他是政治和尚的這些人都不了解他，多數甚至不認識他，沒見過他，他也覺得無奈。」
星雲大師曾表示，出家人也是公民，既然跟一般人一樣要去當兵、交稅、選舉，那為什麼不能表達道義、選賢與能呢？他認為，要讓政府知道佛教界是有人才的，也代表宗教對政治是問政不干預的。
星雲大師：宗教對政治是問政不干預
大師雖是國民黨員，但他支持的政治領袖藍綠皆有，馬英九2次競選總統，星雲都全力相助，2008年選舉投票前，星雲呼籲「希望大家幫馬英九找工作，馬英九如果找到工作，台灣會更好」。
2015年9月12日，高雄余家為逝世的前縣長余陳月瑛舉行「逝世周年紀念策展活動」，當時出席活動的有民進黨總統參選人蔡英文等人，與余家交情深厚的星雲法師也乘坐輪椅到場，星雲法師致詞時讚揚蔡英文是「媽祖婆」，表示蔡一定可以當選總統。
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而國民黨總統參選人洪秀柱在選舉前到佛光山拜會星雲大師，星雲大師公開稱洪是觀世音菩薩，並向洪秀柱表示：「假如妳將來勝選，要領導我們台灣大家都做中國人。」而洪秀柱對於星雲的表態支持表示感到高興。
星雲大師認為，早年台灣佛教封閉，佛光山開山後，常有從政者、在位者參訪，出家人沒有分別心，卻因此招來「政治和尚」之名，但現在道場多了，政治人物拜訪的法師也多了，封給他的「政治和尚」，看來已不適用，不過「如果批評的人覺得這樣有趣味，就給他歡喜吧！」
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