受到瑪娃颱風及梅雨鋒面共同影響，6月2日至3日西日本和東日本陸續出現線狀雨帶，接連下起暴雨，日本氣象廳對關東發布特別警報，包含關東及關西都出現水災及土石崩落等災情，除了傳出民眾死傷，當地交通也出現大規模中斷，包含連接東京和大阪的「東海道新幹線」，以及往返關西機場的JR和南海電鐵昨日都陸續暫停營運，通往奈良、和歌山的JR線也全數中斷。
日本多地在週五降下災難性暴雨，多處地區氾濫成災，日本政府昨對近畿（關西）與四國地區發布強降雨警報，並發出緊急避難指示，疏散超過4萬名居民。目前包含茨城縣、埼玉縣、千葉縣、神奈川縣、長野縣、奈良縣、和歌山縣、德島都發布緊急避難指示。
今日上午當局也指出，除了關東地區可能降下暴雨，全國各地的災害風險持續居高不下，日本氣象廳目前仍持續對關東多縣及關西的和歌山縣發布大雨警報，目前也有多縣發布洪水警戒，其中埼玉縣、東京都有氾濫危險，茨城縣、和歌山縣為氾濫警戒，栃木縣、神奈川縣、長野縣、靜岡縣、愛知縣也發布洪水預警。至於茨城縣、千葉縣、神奈川縣、山梨縣、靜岡縣、和歌山縣等也發布土石流災害警戒。
日媒也指出，暴雨也為當地帶來破紀錄雨量，其中靜岡縣濱松市天童區24小時降雨量達497.5毫米，三重縣鳥羽市490.5達毫米，據《tenki.jp》指出，這是靜岡縣濱松市及三重縣鳥羽市自統計以來最高的降雨量。至於愛知縣豐橋市累積雨量也達419毫米、埼玉縣越谷市則是260.5毫米。至於東京市中心24小時降雨量也來到217.5毫米。氣象廳也預估，未來數小時關東地區將出現局部大雨，並伴有雷電。
暴雨釀災也在當地造成民眾死傷，其中愛知縣傳出有1人死亡，是一名6旬老翁被發現受困在遭到淹沒的車輛內，經送醫仍不治。和歌山縣、茨城縣陸續傳出有民眾被河水沖走，其中茨城縣後續有尋獲受害民眾，和歌山縣目前則有2人失蹤。
除此之外在東京都、三重縣伊勢市、千葉縣松戶市、和歌山縣新宮市、神奈川縣綾瀨市、愛知縣豐橋市也都陸續傳出有民眾受傷，以及洪災、土石崩落等災情，確切傷亡及災損情況仍待進一步確認。暴雨也在當地造成停電災情，在千葉縣、神奈川縣、茨城縣和靜岡縣共有約2130戶停電。
受到颱風帶來的強風和暴雨影響，日本當地交通受到廣泛影響，包含JR西日本、南海電鐵、關西JR、東海道新幹線昨日都陸續出現停駛、延遲或減班的情況。據日媒消息，目前已知東海道新幹線將在今日中午左右恢復營運。
在關西機場也有大批旅客因鐵路停運受困，機場今晨向有需要的人發放睡袋及飲用水，機場內的長椅和地板上躺著不少人，想離開機場的旅客只能排隊搭乘巴士。
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