國家事業單位登記管理局發布通告，對中國管理科學研究院作出撤銷登記。澎湃新聞報道，中國管理科學研究院及其下屬機構不時於國家事業單位登記管理局網站「違法違規信息通告」欄目出現。甚至連官媒新華社亦曾報道中國管理科學研究院亂象，例如其二級機構收約千元，數小時內便可發出「專業資格證書」。
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中國管理科學研究院遭撤銷登記 為牟利大肆銷售職業技能培訓證書
2021年4月，論文《熟雞蛋變成生雞蛋（雞蛋返生）-孵化雛雞的實驗報告》曾一度成為網絡熱話。該文的第一作者郭萍擁有多個頭銜，其中就包括「中國管理科學研究院學術委員會心腦教育研究中心副主任」。
中國管理科學研究院學術委員會，對外宣傳為中國管理科學研究院最高學術指導機構。當時，心腦教育研究中心一名工作人員受訪時表示，郭萍是掛名的，他們是合作關係。
「雞蛋返生」作者擁機構銜頭
2019年6月，新華社曾報道的《花上千元就能買到「全國」「中」字頭證書和獎狀，誰是「神秘」賣家？》明確提到，有人在網絡大量銷售「中」字頭的「全國大賽」獎狀、職業技能證書，且多涉及一家單位，即中國管理科學研究院。其中，一家公司工作人員發來的樣證上蓋有兩個公章，分別為「中國管理科學研究院學術委員會」和「專業人才技能培訓中心」。
當時，該公司給新華社記者發來中國管理科學研究院學術委員會於2019年4月出具的一份「合作證明」，上邊蓋著中國管理科學研究院學術委員會的公章，稱中國管理科學研究院學術委員會專業人才技能培訓中心與該公司合作開展專業人才崗位技能項目，統一頒發「專業人才技能證書」。記者當時從有關部門了解到，目前全國多地出現以中國管理科學研究院下屬機構名義賣證書、獎狀現像，涉案人員眾多。
報道中，中國管理科學研究院常務副院長盧繼傳指，該院是自收自支的國家事業單位，下屬多個研究所（中心）收入主要靠咨詢培訓。他表示，近年來，有個別內部研究所（中心）搞歪門邪道，靠賣牌子、賣證書斂財，但也有機構冒充中國管理科學研究院名義行騙。
風水師資格證書毋須培訓
《中國經營報》曾報道《一個國家級事業單位的8年停頓與亂戰》稱，中國管理科學研究院曾宣稱擁有92個二級分支機構（研究所、研究中心），但受訪者中，沒有人知道確切的名單和數量。現在，這些二級機構不僅歸屬不明，且也在積極發展下級單位，還牽出難以計數的糾紛和訴訟，其中不乏金額上億元的集資案。也有二級機構可以提供多達400種資格證書，最快幾小時就能出證，收費僅在600元至1000元。
2023年10月，中國管理科學研究院又被曝出和「風水師證」掛鉤。
半月談報道提到，網上一家所謂的培訓機構稱，「風水師證」不用考試，也不用培訓，只要給出個人信息，20天左右就能寄到，每本費用860元，發證單位是「中國管理科學研究院職業人才技能認證中心」；另一家所謂的培訓機構則稱，可以不用考試就辦理全國職業信用評價網頒發的碳減排領域人才的證書，每張500元。
